Wielu graczy, wspominając Tomb Raider 1, myśli o nim jako o grze pełnej zagadek, jednak gdy przyjrzeć się im bliżej, okazuje się, że nie są one tak naprawdę logicznymi łamigłówkami. Zamiast tego bazują na eksploracji, poszukiwaniu ukrytych dźwigni, kluczy i przejść. Gra nie zmusza do analitycznego myślenia w stylu klasycznych gier przygodowych, a raczej do skrupulatnego przeczesywania otoczenia. To, co mogłoby wydawać się zagadką, jest w rzeczywistości serią zamków i mechanizmów, które wymagają od gracza wytrwałości, spostrzegawczości i dobrej orientacji w terenie. Klasycznym przykładem jest choćby poziom Mines, gdzie kluczowe dźwignie są rozmieszczone w różnych częściach ogromnego kompleksu, a ich znalezienie wymaga przemierzania korytarzy i powrotów do wcześniej odwiedzonych miejsc. Nie ma tu rozwiązywania skomplikowanych schematów, a jedynie znajdowanie przełączników, które pozwalają przejść dalej.
Jednym z najważniejszych elementów zagadek w grze jest wykorzystanie otoczenia do ukrycia kluczowych przedmiotów. W wielu przypadkach nie wystarczy spojrzeć przed siebie - trzeba dokładnie sprawdzić ciemne zakamarki, spojrzeć w górę lub zaryzykować skok w miejsce, które może wydawać się z pozoru ślepą uliczką. To sprawia, że gracz często czuje się zagubiony, ale jednocześnie wywołuje satysfakcję, gdy wreszcie znajdzie właściwe rozwiązanie. Dobrym przykładem jest poziom Pałac Midasa, gdzie kluczowe przedmioty - ołowiane sztabki - są rozrzucone po całej lokacji, a ich odnalezienie wymaga przemierzania różnych sekcji poziomu i aktywowania ukrytych przełączników. Sama mechanika zamiany ołowiu w złoto jest jedną z nielicznych sytuacji, gdzie zagadka ma bardziej symboliczny charakter, ale nadal nie wymaga głębszej dedukcji - trzeba po prostu znaleźć właściwe przedmioty i umieścić je w odpowiednim miejscu.
Kolejnym istotnym aspektem jest fakt, że Tomb Raider 1 w dużej mierze opiera się na metodzie prób i błędów. Ponieważ w grze brakuje podpowiedzi, a niektóre dźwignie aktywują mechanizmy znajdujące się w zupełnie innych częściach mapy, gracz często nie wie, co właściwie zrobił, dopóki nie wróci na wcześniej odwiedzone miejsce. Wymusza to pamiętanie układu poziomu i uważne obserwowanie zmian w otoczeniu. Zdarza się również, że niektóre przejścia otwierają się na określony czas, co wprowadza element presji - jeśli gracz nie zdąży, musi powtarzać całą sekwencję od początku. To podejście sprawia, że rozgrywka bywa frustrująca, ale jednocześnie buduje napięcie i zmusza do dokładnego eksplorowania każdego zakamarka. Przykładem jest poziom Cistern, w którym podnoszenie i opuszczanie poziomu wody wpływa na dostępność różnych ścieżek - bez starannego śledzenia zmian gracz może łatwo utknąć lub przeoczyć kluczowy element.
Zagadki w grze rzadko wymagają kombinowania z różnymi przedmiotami, co odróżnia Tomb Raider 1 od klasycznych gier przygodowych. Każdy klucz pasuje do konkretnego zamka, a każdy przełącznik aktywuje określony mechanizm. Nie ma tu potrzeby łączenia przedmiotów, analizowania symboli czy stosowania bardziej złożonych schematów. Wiele drzwi wymaga po prostu znalezienia właściwego przedmiotu i użycia go w odpowiednim miejscu, co bardziej przypomina poszukiwanie ukrytych obiektów niż faktyczne rozwiązywanie łamigłówek. W rezultacie trudność zagadek polega nie na ich skomplikowaniu, ale na tym, jak dobrze gracz potrafi się odnaleźć w przestrzeni i zapamiętać, czego jeszcze nie sprawdził.
Mimo że zagadki w Tomb Raider 1 nie są typowymi łamigłówkami, to jednak odgrywają kluczową rolę w budowaniu atmosfery i angażowaniu gracza. Każdy poziom jest zaprojektowany w taki sposób, aby stopniowo prowadzić do celu, zmuszając do eksploracji i zwracania uwagi na detale. Chociaż nie trzeba tu rozwiązywać skomplikowanych schematów, to konieczność uważnego przeszukiwania otoczenia i odnajdywania ukrytych mechanizmów sprawia, że gracz czuje się jakby coś odkrywał. To właśnie ta mieszanka sprawia, że ta produkcja do dziś pozostaje w pamięci graczy jako jedna z najbardziej angażujących gier przygodowych lat 90.
