Historia Atlantydów w "Tomb Raider" należała do tych elementów fabuły, które na pierwszy rzut oka wydawały się znacznie prostsze, niż były w rzeczywistości. W pierwszej grze Lara poznawała jedynie fragmenty dawnych dziejów. Odnajdywała kolejne części Scionu, docierała do grobowców jego właścicieli i stopniowo odkrywała, że za wszystkim stała Natla, jedna z dawnych władczyń Atlantydy. Dopiero zestawienie tych wydarzeń z wizją przedstawioną przez Scion, informacjami zawartymi w grobowcach oraz dokumentacją przygotowaną przez Core Design pozwalało dostrzec, jak rozległa i zaawansowana była cywilizacja, do której należeli Natla, Qualopec i Tihocan.
Najważniejsze informacje na ten temat znalazły się w dokumentacji fabularnej Core Design z 2 sierpnia 1995 roku. Wynikało z niej, że miliony lat temu na Ziemię przybyła zaawansowana humanoidalna cywilizacja, która następnie osiedliła się na naszej planecie. Jej przedstawiciele zwali się Atlantydami, a obszar, na którym rozwinęli swoją cywilizację, określono mianem Atlantydy. Rozciągał się on od Ameryki aż po Australię. Oznaczało to, że Atlantydzi nie byli mieszkańcami niewielkiej wyspy, którzy dopiero na Ziemi osiągnęli wysoki poziom rozwoju. Przybyli tutaj już jako zaawansowana społeczność, posiadająca własną wiedzę i technologię. Twórcy nie opisali miejsca, z którego pochodzili, ani wcześniejszych dziejów ich cywilizacji, ale sama ta informacja wskazywała, że jej początki wykraczały poza historię naszej planety.
Równie istotny był czas, w którym miały rozgrywać się te wydarzenia. Mowa o okresie sięgającym co najmniej trzech milionów lat wstecz, a więc epoce niezwykle odległej z punktu widzenia historii człowieka. Nie istniały wówczas społeczeństwa, które można byłoby porównać z późniejszymi cywilizacjami budującymi miasta, tworzącymi państwa i rozwijającymi zaawansowaną technologię. Na tym tle Atlantydzi musieli stanowić coś zupełnie obcego dla świata, w którym się pojawili.
Z tego powodu utożsamianie Atlantydy z jedną wyspą prowadziło do zbyt uproszczonego obrazu jej historii. Dokumentacja opisywała ogromny obszar rozciągający się od Ameryki do Australii, nie przesądzając jednak, czy znajdował się on pod bezpośrednią kontrolą jednego ośrodka władzy. Znacznie ciekawsza wydawała się wizja rozległego świata, w którym funkcjonowały różne centra cywilizacyjne. Niektóre mogły pełnić funkcje polityczne i technologiczne, inne zaś mogły być odległymi koloniami, placówkami lub niewielkimi osadami. Australia mogła więc znajdować się na obrzeżach tego świata, podczas gdy jego najważniejsze ośrodki leżały w innych częściach rozległego terytorium.
Nie było również powodów, aby zakładać, że cywilizacja Atlantydów przez cały okres swojego istnienia wyglądała tak samo. Miała miliony lat na rozwój, a Natla, Qualopec i Tihocan pojawili się dopiero w końcowym okresie jej historii. Nie byli zatem założycielami Atlantydy, lecz władcami cywilizacji, która istniała już od bardzo dawna i zdążyła wykształcić własne struktury społeczne oraz niezwykłą wiedzę.
Dokumentacja Core Design opisywała społeczeństwo Atlantydów jako podzielone na dwie podstawowe warstwy: mieszczaństwo oraz kapłańską arystokrację. Ta druga grupa miała dostęp do wiedzy związanej z genetycznymi ulepszeniami, a jej uprzywilejowana pozycja nie wynikała wyłącznie z autorytetu religijnego czy sprawowanej władzy. Przedstawiciele najwyższej warstwy posiadali możliwości pozwalające im bezpośrednio ingerować w organizmy żywe. Informacje te dobrze współgrały z tym, co Lara odkrywała podczas swojej przygody. Stworzenia napotykane w "Tomb Raider 1" i "Tomb Raider: Anniversary" nie przypominały zwykłych zwierząt zamieszkujących starożytne ruiny. Były biologicznie zmodyfikowanymi organizmami związanymi z dawną cywilizacją i pełniły funkcję strażników w miejscach powiązanych z Qualopecem, Tihocanem oraz Natlą. Pokazywało to, że wiedza Atlantydów na temat modyfikowania życia miała praktyczne zastosowanie, a nie pozostawała jedynie abstrakcyjną teorią.
Dokumentacja podawała również, że przedstawiciele najwyższej warstwy społecznej mogli żyć maksymalnie około dwustu lat. Ta informacja pomagała umieścić triumwirat we właściwym okresie dziejów Atlantydy. Natla, Qualopec i Tihocan nie pamiętali początków własnej cywilizacji. Należeli do późnej epoki jej istnienia i korzystali z wiedzy rozwijanej przez wcześniejsze pokolenia. Ich najważniejszym problemem nie było więc zdobycie technologii, lecz rozstrzygnięcie, w jaki sposób należało ją wykorzystywać.
Najlepiej ukazywała to historia Scionu, którego fragmenty znajdowały się w posiadaniu trzech władców. O tym, kim był Tihocan i jaką rolę odgrywał w dziejach Atlantydy, Lara dowiadywała się między innymi z modlitewnika brata Herberta, odnalezionego w biurze Natli. Zawarte w nim zapiski prowadziły ją do grobowca Tihocana i wyjaśniały, że jedna z części Scionu została pochowana razem z dawnym władcą. Sam podział artefaktu pomiędzy członków triumwiratu miał istotne znaczenie, ponieważ Scion nie był zwykłym insygnium władzy. Posiadał ogromną moc, a jego kompletna forma była potrzebna do wykorzystania możliwości pozostawionych przez Atlantydów. Każdy z trzech władców dysponował więc częścią przedmiotu, którego pełny potencjał wiązał się z całością artefaktu.
Dopiero wizja uruchamiana przez kolejne fragmenty Scionu pozwalała Larze zobaczyć wydarzenia, które doprowadziły do rozpadu triumwiratu. Władcy występowali w niej jeszcze razem, zanim ich wspólne panowanie dobiegło końca. Natla została następnie uwięziona i pozbawiona swojego fragmentu Scionu. Qualopec zarzucił jej wykorzystanie posiadanej mocy w sposób naruszający zasady obowiązujące Atlantydów. Głównym powodem konfliktu były prowadzone przez nią eksperymenty, które wykraczały poza zachowanie dotychczasowych osiągnięć cywilizacji.
Natla nie zamierzała traktować odziedziczonej wiedzy jako czegoś, co należało jedynie zachować. Chciała wykorzystać ją do tworzenia nowych organizmów. Mówiła o przetrwaniu i nowej generacji, a jej wypowiedzi wskazywały, że uważała naturalną ewolucję za proces, który znalazł się w martwym punkcie. W jej przekonaniu życie potrzebowało kolejnego impulsu, którym miała być świadoma ingerencja w jego rozwój. Właśnie to odróżniało ją od pozostałych członków triumwiratu. Nie chciała jedynie chronić osiągnięć Atlantydów, lecz pójść o krok dalej i wykorzystać je do stworzenia czegoś nowego. Jej eksperymenty dotyczyły organizmów, ich rozwoju oraz możliwości przystosowania do życia. Tihocan określił miejsce tych prac mianem "fabryki dziwactw", co dobrze oddawało charakter działalności prowadzonej przez Natlę w Wielkiej Piramidzie.
Sama Wielka Piramida stanowiła jeden z najciekawszych elementów tej historii, ale nie należało utożsamiać jej z całą Atlantydą. Była konkretnym kompleksem zlokalizowanym wewnątrz wygasłego wulkanu na odizolowanej wyspie. To właśnie tam Natla prowadziła swoje eksperymenty. Kiedy Lara docierała do tego miejsca w "Tomb Raider 1", odkrywała ogromne pomieszczenia, urządzenia, inkubatory oraz stworzenia przemieszczające się po kompleksie. Nie potrafiła rozpoznać przeznaczenia większości tych elementów, jednak ich obecność pozwalała lepiej zrozumieć, dlaczego Tihocan tak ostro oceniał działalność dawnej władczyni.
Wielka Piramida pełniła więc funkcję ośrodka badawczego związanego z tworzeniem życia. Znajdująca się tam technologia nie służyła do budowy kolejnych świątyń ani przechowywania skarbów, lecz do ingerowania w organizmy i tworzenia nowych form życia. To właśnie w tym miejscu plany Natli nabierały realnego kształtu. Scion odgrywał przy tym kluczową rolę, ponieważ dopóki jego fragmenty pozostawały rozdzielone, Natla nie mogła w pełni wykorzystać możliwości Wielkiej Piramidy. Kiedy Lara, działając na jej polecenie, odzyskiwała wszystkie trzy części artefaktu, dawna władczyni mogła powrócić na wyspę i rozpocząć procedurę uruchamiania kompleksu.
Wtedy stawało się jasne, do czego Natla potrzebowała Scionu. Nie chodziło jej wyłącznie o odzyskanie dawnej pozycji, lecz o ponowne wykorzystanie zachowanej technologii do stworzenia nowych form życia. Uważała, że istniejące organizmy były zbyt słabe, a naturalna ewolucja przestała zapewniać dalszy rozwój. Zamierzała więc stworzyć nowe gatunki, lepiej przystosowane do przetrwania i zdolne do zapoczątkowania kolejnego etapu ewolucji. Projekt ten doprowadził do konfliktu z Qualopecem i Tihocanem. Natla została pozbawiona swojego fragmentu Scionu, a następnie skazana na wieczne zamrożenie. Umieszczono ją w kriokapsule jeszcze przed wydarzeniem, które miało zakończyć epokę Atlantydów.
W tym miejscu należało rozdzielić dwa wydarzenia, które łatwo było połączyć w jedną historię. Konflikt pomiędzy Natlą, Qualopecem i Tihocanem nastąpił wcześniej, natomiast katastrofa, która później zniszczyła Atlantydę, stanowiła odrębny etap jej dziejów. Uwięzienie Natli nie było więc przyczyną kataklizmu. Została zamrożona, zanim doszło do zagłady jej cywilizacji. Wizja oglądana przez Larę przedstawiała jeden z najważniejszych momentów tej katastrofy: ogromny meteoryt uderzał w Atlantydę, a następujące po nim wydarzenia prowadziły do zniszczenia cywilizacji i zalania wielu obszarów wodą. W ten sposób kończyła się epoka Atlantydów jako potężnej cywilizacji.
Nie oznaczało to jednak, że wszyscy mieszkańcy Atlantydy zginęli natychmiast. Losy Qualopeca i Tihocana wskazywały, że obaj przetrwali katastrofę i jeszcze przez pewien czas funkcjonowali w świecie, który pozostał po upadku dawnego imperium. Szczególnie wymowny był pod tym względem grobowiec Qualopeca. Lara odnajdywała go siedzącego na tronie, otoczonego przez uśpioną gwardię. Całe miejsce przypominało pozostałość dawnego porządku, którego przedstawiciele próbowali przetrwać mimo zniszczenia świata, jaki znali. Qualopec ostatecznie zmarł ze starości, pozostawiając po sobie grobowiec oraz ślady dawnej potęgi.
Jeszcze więcej informacji dostarczała inskrypcja znajdująca się przy grobowcu Tihocana. Opisywała go jako jednego z dwóch wielkich i sprawiedliwych władców, którzy po katastrofie próbowali utrzymać względną normalność na ocalałych, jałowych ziemiach. Tihocan nie zniknął więc wraz z Atlantydą. Jego historia trwała również po kataklizmie, a podejmowane przez niego działania stanowiły próbę odnalezienia się w nowej rzeczywistości. Inskrypcja wspominała także o jego śmierci bez potomka. Ten szczegół miał większe znaczenie, niż mogło się początkowo wydawać. Jeśli wiedza Tihocana nie znalazła dziedzica, jej ciągłość mogła zostać przerwana wraz z jego śmiercią. W ten sposób można było spojrzeć na późniejsze zanikanie cywilizacji Atlantydów. Nie musiała ona zniknąć w jednym momencie. Jej struktury mogły rozpadać się stopniowo, a wraz ze śmiercią kolejnych przedstawicieli dawnej arystokracji mogła ginąć również wiedza przekazywana wcześniej z pokolenia na pokolenie.
Natla znalazła się w zupełnie innej sytuacji. Kiedy Atlantyda upadała, pozostawała zamknięta w kriokapsule. Nie była świadkiem katastrofy i nie przeżywała okresu, w którym Qualopec i Tihocan próbowali odnaleźć się w świecie po jej zakończeniu. Dla niej czas praktycznie się zatrzymał. Kiedy w końcu się przebudziła, dawna rzeczywistość już nie istniała. Minęły tysiące lat, a miejsca znane jej z czasów Atlantydy uległy zmianom. Ruiny dawnej cywilizacji były rozproszone po świecie, a Scion, który wcześniej znajdował się pod kontrolą trzech władców, dawno utracił swoje pierwotne położenie.
Wtedy na jej drodze pojawiła się Lara. Natla nie potrzebowała kogoś, kto wyjaśniłby jej historię Scionu, ponieważ sama należała do świata, który go stworzył. Potrzebowała natomiast osoby zdolnej odnaleźć fragmenty artefaktu ukryte w różnych częściach świata. Lara miała doświadczenie, inteligencję i umiejętności pozwalające jej docierać do miejsc, których ślady przez tysiące lat zacierały kolejne wydarzenia. Odzyskanie Scionu otworzyłoby Natli drogę do dawnego kompleksu. Po powrocie do Wielkiej Piramidy mogła kontynuować projekt przerwany jeszcze przed swoim uwięzieniem. Upływ tysięcy lat nie zmienił jej przekonania o konieczności stworzenia nowych form życia. Zmienił się jedynie świat, w którym zamierzała zrealizować swój plan.
Ostatecznie Lara pokrzyżowała plany Natli, niszcząc Scion. Bez artefaktu dawna władczyni utraciła możliwość dalszego wykorzystania systemu Wielkiej Piramidy. Kompleks zaczął się rozpadać, a Lara zdołała uciec. Wkrótce potem wyspa eksplodowała, niszcząc ośrodek, który przez tysiące lat pozostawał ukryty wewnątrz wulkanu. Nie oznaczało to jednak, że wraz z nim zniknęła cała wiedza Natli. Jej możliwości zostały ponownie przedstawione w "Tomb Raider: Underworld", gdzie pojawił się Doppelgänger, biologicznie usprawniona kopia Lary. Zachowywała niemal identyczny wygląd jak oryginał, ale przewyższała ją pod względem siły i refleksu. Dodatek "Lara's Shadow" pozwalał lepiej poznać tę postać i pokazywał, że posiadała własną świadomość oraz zdolność samodzielnego działania.
Doppelgänger był szczególnie interesującym przykładem, ponieważ ukazywał inną stronę tej samej wiedzy. Natla ponownie wykorzystywała możliwości związane z tworzeniem i modyfikowaniem organizmów, tym razem do stworzenia istoty będącej kopią konkretnej osoby. Nie poznaliśmy wszystkich szczegółów technologii zastosowanej przy jej stworzeniu, dlatego nie można było po prostu utożsamiać jej z urządzeniami znajdującymi się w Wielkiej Piramidzie. Istotniejsze pozostawało jednak to, że Natla, mimo utraty dawnego kompleksu, nadal dysponowała wiedzą pozwalającą jej prowadzić eksperymenty na poziomie całkowicie niedostępnym dla współczesnego świata.
W tym miejscu najlepiej było dostrzec znaczenie całej historii Atlantydów. Ich cywilizacja upadła, ale jej wiedza nie została całkowicie zniszczona. Część przetrwała w ruinach, część w zachowanej technologii, a część w organizmach stworzonych przez Atlantydów. Pozostała również w pamięci samej Natli, która dzięki hibernacji mogła przenieść ją do zupełnie innej epoki. Scion stanowił jeden z kluczy do tej spuścizny, Wielka Piramida była jej najbardziej spektakularnym przykładem, a późniejsze eksperymenty Natli pokazywały, że dawną wiedzę można było wykorzystywać także poza pierwotnym kompleksem.
Patrząc na Atlantydę z tej perspektywy, trudno było sprowadzić jej historię do opowieści o zaginionej wyspie. Była to cywilizacja, która pojawiła się na Ziemi już jako rozwinięta społeczność i przez ogromny okres istnienia doskonaliła własną wiedzę. Jej mieszkańcy osiągnęli poziom pozwalający im ingerować w organizmy, tworzyć nowe formy życia i budować technologie, których działania współczesny człowiek nie potrafił zrozumieć. Natla, Qualopec i Tihocan pojawili się dopiero pod koniec tej historii, dlatego ich konflikt stanowił ostatni rozdział znacznie starszej cywilizacji, a nie początek jej dziejów. Natla chciała pójść dalej niż jej poprzednicy i wykorzystać odziedziczoną wiedzę do świadomego kierowania ewolucją. Qualopec i Tihocan sprzeciwili się jej działaniom, w wyniku czego została uwięziona. Dopiero później Atlantydę zniszczył wielki kataklizm, po którym pozostałości dawnego świata jeszcze przez pewien czas próbowały funkcjonować w nowej rzeczywistości.
Najciekawsze pozostawało jednak to, co wydarzyło się po upadku Atlantydy. Dla wszystkich poza Natlą dawna cywilizacja stała się przeszłością. Dla niej był to świat, z którego została wyjęta na tysiące lat, a następnie do którego próbowała powrócić. Kiedy więc Lara spotkała ją w czasach współczesnych, nie miała do czynienia z kimś, kto jedynie odkrył pozostałości starożytnej cywilizacji. Natla sama była jedną z tych pozostałości, a jej wiedza stanowiła bezpośrednie połączenie z epoką, która dla reszty świata dawno przestała istnieć.
Właśnie dlatego Scion odgrywał w tej historii tak ważną rolę. Nie był jedynie artefaktem poszukiwanym przez Larę, lecz pozostałością systemu stworzonego przez cywilizację, która dawno przestała istnieć. Natla potrzebowała go, aby ponownie uruchomić technologię znaną jej jeszcze z czasów własnego życia. Lara patrzyła natomiast na te same przedmioty z perspektywy współczesnego człowieka, dla którego stanowiły niemal całkowicie niezrozumiałe relikty. W efekcie pierwsza przygoda związana ze Scionem stawała się spotkaniem dwóch światów. Jeden należał do współczesnej archeologii, drugi do cywilizacji istniejącej miliony lat wcześniej. Lara próbowała zrozumieć ślady pozostawione przez Atlantydów, podczas gdy Natla zamierzała wykorzystać je dokładnie tak, jak robiła to przed katastrofą.
Największa siła historii Atlantydów w "Tomb Raider" tkwiła w tym, że gra nigdy nie przedstawiała jej w formie kompletnej kroniki. Zamiast tego pozwalała odkrywać kolejne elementy: fragmenty Scionu, grobowce, inskrypcje, wizję dawnego triumwiratu, ruiny oraz Wielką Piramidę. Dopiero zestawienie tych informacji umożliwiało dostrzeżenie cywilizacji, która istniała na długo przed znanym nam światem, a której ostatnie ślady Lara odnajdywała miliony lat po jej początkach i tysiące lat po jej upadku.
Atlantyda nie była więc jedynie miejscem, które zniknęło pod wodą. Stanowiła cały utracony świat, którego historia rozpoczęła się jeszcze przed pojawieniem się współczesnego człowieka na Ziemi. Natla, która przetrwała własną epokę dzięki hibernacji, pozostawała żywym dowodem istnienia tej cywilizacji. Dzięki niej dawna wiedza Atlantydów nie była wyłącznie archeologiczną zagadką, ukrytą w ruinach i zapomnianych grobowcach. Po tysiącach lat ponownie stała się realnym zagrożeniem.
